En 1641, el municipio pasa a depender del Conde-Duque de Olivares, y en el siglo XVIII del Conde de Altamira.

En 1833 se crea la provincia de Huelva y Aracena es segregada de Sevilla. Fue el primer marqués, Javier Sánchez Dalp, el personaje más representativo de la época y el responsable de un periodo de impulso en la regeneración de la ciudad. Artífice de iniciativas tan dispares como la apertura de la Gruta de las Maravillas, la instauración de la romería en la Peña de Alájar y la construcción de numerosos edificios, entre ellos buena parte de los que llevan la firma del conocido arquitecto Aníbal González.

En época contemporánea la ciudad en la crisis de las actividades agrícolas y ganaderas. En estos años tristes, sólo destacan las importantes intervenciones de recuperación del patrimonio histórico-artístico emprendidas por el notable vecino Florentino Pérez Embid.

En la última década, Aracena conoce importantes síntomas de revitalización, provocados por la configuración de la ciudad como centro de servicios y por el crecimiento del turismo rural